|
[присутствующие]
[для инструктора] |
| 1) Работа с Яндекс Клауд: вход, запуск/остановка, изменение типа ВМ |
| 2) Подключение к ВМ на Яндекс-клауд (при помощи PyTTY и winSCP). |
| 3) Запуск guppy_basecaller. FASTQ формат. |
| 4) Оценка качества секвенирования. MinIONQC, Выгрузка диаграмм (winSCP) |
| 5) Выравнивание ридов на геном. Minimap2. SAM-файлы. Получение и индексация BAM-файла при помощи samtools. Integrated Genome Viewer |
| 6) Запуск Salmon quant. Квантификация транскриптов. Выгрузка результатов при помощи WinSCP и просмотр выходного файла quant.sf в excel. |
| 7) NCBI SRA. Загрузка архивов Ilumina при помощи prefetch. Разархивирование утилитой fastq-dump. |
| 8) fastQC оценка качества секвенирования на платформе Ilumina. Выгрузка репорта fastQC. |
| 9) Триммирование данных trimmomatic. |
| 10) Подсчет экспрессии с помощью Salmon quant |
| 11) Скачивание данных через wget |
| 12) Выравнивание bwa-mem2 |
| 13) Получение и индексация BAM-файла при помощи samtools. Integrated Genome Viewer. |
| 14) Запуск программы коллинга мутаций DeepVariant. |
| 15) Расшифровка результат предсказания мутаций Ensembl VEP. |